Последователност на генома на азиатския чернодробен метил интервю с М
Отказ от отговорност: Тази страница е автоматичен превод на тази страница, първоначално на английски. Моля, обърнете внимание, тъй като преводите се генерират машинно, не всички преводи ще бъдат перфектни. Този уебсайт и неговите уеб страници са предназначени за четене на английски език. Всеки превод на този сайт и неговите уеб страници може да бъде неточен и неточен, изцяло или частично. Този превод е предоставен на практика.
Можете ли да дадете кратко представяне на азиатския чернодробен метил, Opisthorchis viverrini ? Как този паразит заразява хората ?
Opisthorchis viverrini е паразитен плосък червей (или чернодробен метил), ендемит в Тайланд, Лаосската народнодемократична република, Виетнам и Камбоджа. Хората се заразяват с този паразит, когато ядат камбала, заловена в подготвени сладководни риби /.
Веднъж изяден, ларвеният стадий навлиза в главния жлъчен канал на човека, където се превръща в възрастен човек, който остава в главния жлъчен канал в продължение на няколко години. Възрастните произвеждат яйцата, които преминават през изпражненията, влизат в прясна вода и се поглъщат от воден гостоприемник.
Вътре в охлюва тези паразити се развиват в разсейващ се етап, който оставя охлюва и енцистира в мускула на сладководните риби, завършвайки сложния им жизнен цикъл.
Съвременните оценки предполагат, че почти 10 милиона души са заразени с тези паразити в Югоизточна Азия.
В основния жлъчен канал причиняват човешки описторхоза, виверини на O., заболяване, свързано с уголемен черен дроб, възпаление на жлъчегонно заболяване и рак на жлъчния канал (холангиокарцином; зона за контрол на замърсяването), фатален рак на билиарното дърво, с много лоша прогноза.
Допринася ли този паразит за рак на жлъчните пътища ?
Opisthorchis viverrini е класифициран като канцероген от клас I. Все още не знаем точните механизми, които участват, въпреки че изследователите смятат, че няколко фактора допринасят за развитието на рак.
Например, възпалението на гостоприемника, причинено от клетъчно увреждане или клетъчна смърт, свързано с хранене с паразити и/или пачуърк, вероятно допринася за канцерогенезата.
Освен това, последните данни сочат, че виверини на O. секретират протеини, които пряко насърчават клетъчния растеж и развитието на тумора.
Друг фактор, за който се смята, че допринася за туморогенезата, е увреждането на ДНК, причинено от диета, богата на нитрозамини, мощен човешки канцероген от клас I. Заедно тези фактори създават "перфектна буря". честота на рак на жлъчните пътища.
Наскоро беше обявено, че геномът на азиатската напрегната камбала е секвениран. Какво се отнасяше до това ?
Международен екип, включващ паразитолози и експерти по геномиката от Университета в Мелбърн (Австралия), Сингапурския институт за геном (Сингапур), Университета Khon Kaen (Тайланд) и Пекинския геномен институт (Китай), участва в секвенирането и анотирането на генома.
Първо извлечихме геномна ДНК от виверини на O. и използваше машини за секвениране с висока производителност, за да генерира над 60-кратно покритие на генома като малки изблици на последователност. След това тези малки парченца бяха събрани в геномни скелета. В тези големи геномни скелета всеки генен регион е идентифициран и анотиран.
След това бяха използвани редица инструменти за прогнозиране на функцията на всеки ген виверини на O., включително основни молекули, свързани с метаболизма и тяхната адаптация към времето в главния жлъчен канал на човека.
Какви бяха основните предизвикателства при характеризирането на най-големия изучен досега геном на паразитни червеи ?
Значителното предизвикателство беше наличието на голям брой повтарящи се елементи, открити в геномната ДНК на виверини на O.
Например само 3,4% от генома съдържа генетични кодиращи информационни протеини. За разлика от тях, повече от 30% от генома съдържат текущите повтарящи се елементи на повече от едно място в генома. Този означен набор беше провокативен.
За щастие успяхме да използваме новия софтуер (наречен Opera), разработен от нашите сътрудници от Сингапурския геномен институт.
Използвайки опера, ние създадохме висококачествен проектен геном, който използвахме за функционално анотиране на настроения ген и получаване на основни анализи в основната молекулярна биология на този паразит, включително идентифициране на основни пътища, присъединени към взаимодействия червей-гостоприемник.
Какъв анализ предоставя това проучване за това как камбала оцелява в главния жлъчен канал на човека ?
Нашето проучване показа, че тези паразити са силно адаптирани да издържат в главния жлъчен канал, което води до тяхното установяване в главния жлъчен канал до 10 години.
Например виверини на O. е адаптиран да оцелява в среда с ниско съдържание на кислород и е експерт по детоксикация на вредни съединения, като свободни радикали кислород, освободени в жлъчката по време на липидна пероксидация.
Метаболитните профили на тези паразити също предлагат адаптация, която да се храни с епителни клетки и/или жлъчни съставки, богати на липиди и сложни протеини. Избягването на имунния отговор на гостоприемника също е важно за тези паразити, особено ако възпалението следва клетъчно увреждане, причинено от хранене и/или сглобяване. Нашите данни показват, че редица секретирани молекули могат да модулират имунния отговор на гостоприемника.