Окисление на пируват до ацетил-КоА
Аеробното дишане се разпада на два етапа. В първия, с достатъчно количество кислород, всяка молекула пируват попада в митохондриите, където аеробно се окислява напълно. Първо, настъпва окислителното декарбоксилиране на пирувата, т.е. елиминиране на CO2 с едновременно окисляване чрез дехидрогениране. По време на тези реакции молекулата на пирувата се комбинира с вещество, наречено коензим А (CoA или CoA-SH), което води до образуването на ацетил коензим А. Количеството енергия, освободено по време на това, е достатъчно, за да образува високоенергийна връзка в ацетила коензим А молекула. Този процес е необходима стъпка, чрез която въглехидратите (чрез пируват) се включват в цикъла. CoA функционира като носител на ацил (в този случай ацетилови групи), точно както ATP изпълнява функцията на пренос на фосфатни групи. Ацетилираната форма на CoA (ацетил-CoA) е тиоестер, при образуването на който участват карбоксилната група на оцетната киселина и тиоловата група на CoA. Тиоетерната връзка принадлежи към високоенергийни връзки, което означава, че стандартната свободна енергия на ацетил-S-CoA хидролизата се изразява с голяма отрицателна стойност
Ацетил - S - CoA + H2O → Ацетат + CoA - SH DG ¢ = - 7,52 kcal
Окислителното декарбоксилиране на пируват до ацетил-КоА и CO2 изисква присъствието на три различни ензима и пет коензима, обединени в един мултиензимен комплекс - пируват дехидрогеназната система.
Цялостната реакция е:
СН3СОСООН + KoA - S - H + NAD + → СН3СО
NADH, продукт на тази реакция, се изпраща към митохондриалната дихателна верига.

Фиг. 12. Общ модел на дишане
2.7.4. Цикъл на трикарбоксилна киселина (цикъл на Кребс)