Бързо идентифициране на девет вида дифилоботридни тении чрез пиросеквениране - доклади

вида

  • Теми
  • Резюме
  • Въведение
  • Резултати
  • Дискусия
  • Материали и методи
  • Паразитни материали
  • Етично одобрение
  • Грунд дизайн
  • ДНК екстракция, приготвяне на плазмиди, амплификация на ДНК чрез полимеразна верижна реакция (PCR) и пиросеквенция
  • Допълнителна информация
  • коментари

Теми

  • Генетика на паразитите
  • Предклинични изследвания

Резюме

Въведение

Резултати

Таблица в пълен размер

Нуклеотидно подреждане на митохондриалния ген cox1, получен от D. dendriticum, D. ditremum, D. latum, D. nihonkaiense, D. stemmacephalum, Di. balaenopterae, A. pacificus, S. decipiens et sp. proliferum. Плътни стрелки показват позицията на Psedo_F (напред грунд) и биотинилиран Psedo_R (обратен грунд). Счупената стрелка показва Psedo_S (грунд за секвениране). Областта в полето показва позицията (881–921) на целевата зона, използвана за идентификация на видово ниво. Точките показват еднакви нуклеотиди между последователностите. AM712906 (D. latum) е референтната последователност за позициите на нуклеотидите.

Изображение в пълен размер

Таблица в пълен размер

Пирограми на 41 базовия фрагмент на гена cox1 от D. dendriticum ( AT ), D. ditremum ( Б. ), D. latum ( СРЕЩУ ), D. nihonkaiense ( д ), D. stemmacephalum ( Е ) Di. balaenopterae ( F ), A. pacificus ( G ), S. decipiens ( З. ) и Sp. proliferum ( Аз ). Показани са теоретични модели на пирограми (отгоре на всеки панел) и представителни сурови данни на контролни плазмиди или анализирани проби от пиросеквениране (дъно на всеки панел). Действителната последователност, получена чрез пиросеквениране, се показва под следващите панели „Seq“. Оста Y показва нивото на флуоресценция, излъчвано от включването на нуклеотидна основа, а оста X показва общия брой бази, добавени по това време. G, C, T, A, нуклеотидни бази. Подчертаните букви показват нуклеотидите, използвани за идентифициране на дифилоботридните тении.

Изображение в пълен размер

Таблица в пълен размер

Дискусия

Разработената в това проучване техника за пиросеквениране е инструмент с висока производителност, който може да бъде завършен за 4 часа (без периода на екстракция на ДНК) и позволява да се получат резултати от 96 проби едновременно. Приблизителната прогнозна цена е $ 5 на тест. Разходите обаче могат да варират в зависимост от търговския произход на използваните агенти. Освен медицинските си приложения, тази техника за пиросеквениране може да бъде полезна за идентифициране на ларви, изолирани от копеподи, яйца и възрастни сред различни таксони с подобна морфология. Пиросеквенирането е обещаваща алтернатива с висока производителност за молекулярното генотипиране на девет вида дифилоботридни тении и може да има важни последици за епидемиологичните изследвания. Това се отнася не само за ендемични страни, но и за неендемични райони, където пътници от ендемични райони въвеждат паразитите 5, 52 .