XPARAL; EWST Превод

Графично изчисляване на параметрични изравнения

Версия 2.0 на

XPARAL е програма, базирана на X-Windows, която изчислява параметризирано подравняване на две последователности. Потребителят има опцията да параметризира някой от условията на целта на функцията за подравняване. Тези параметри включват тегло на съвпадението, несъответствия, вмъквания или изтривания. Освен това, ако е избран линеен или изпъкнал модел на отместване, разходите за иницииране на отместването и удължаване на пространството също могат да бъдат параметризирани. След това XPARAL разбива двете входни последователности, предоставени от потребителя, в зависимост от избрания тип подравняване (глобално, локално, en d-gap или поднизово). Програмата ще покаже горния десен квадрант на двумерна графика, където осите на графиката посочват възможните стойности на променливите разходи. Пространството е разделено на изпъкнали полигони, където всеки полигон определя подравняване, което е оптимално по отношение на обхвата на разходите в полигона. Потребителят може да щракне върху полигон и да види всички оптимални подравнения за този диапазон в пространството на параметрите. Също така е възможно да запазите и отпечатате оптимални подравнения.

превод

Изпълнимите версии на тази програма са налични за следните операционни системи (само Mac, Linux, Unix и X):

Изходен код за XPARAL и свързани файлове: източник и т.н.
Ако компилирате за платформи, различни от тези тук, моля, изпратете изпълнимите файлове, които публикувате тук. Благодаря.
XPARAL намира оптималните подравнения, като приема или еднакви резултати за съвпадения и несъответствия, или въз основа на стойности от таблиците за оценяване, прочетени от файл. Тези нотационни файлове вече са включени в XPARAL и могат да бъдат избрани от падащото меню. XPARAL също ви позволява да четете низове от файлове, самостоятелно или като подравнени низове.

  • Натисни тукза да получите примерен файл на подравнени низове.

Документацията на програмата е достъпна онлайн или като документ за следпис с възможност за изтегляне.