Родителският връх
Наличието на примеси е източник на трудности, дори на грешки, при отчитането на родителския пик, когато тези нарушители имат маси, по-големи от тази на изследваното съединение. Рискът е по-малък, когато масата на примеса е по-ниска от тази на изследваното съединение, въпреки това интерпретацията на различните фрагменти е нарушена.

Примесите могат да имат два произхода:
- липса на чистота на анализирания продукт, което създава проблеми по време на директно въвеждане, но проблем, който се решава с масспектрометрия, съчетана с GC/MS газова хроматография (при условие, че е установено, че идеалната колона отделя примесите от съединението, което трябва да се анализира);
- замърсяване на спектрометъра от продукти с ниска летливост (in situ полимеризация, помпени масла и др.); тази трудност може да бъде разрешена чрез създаване на "бял спектър" при липса на проба, спектър, който след това може да бъде изваден от спектъра на пробата (ръчно или автоматично на скорошни спектрометри).
Тази ситуация е основен източник на грешки, особено по време на електронна йонизация. Всъщност някои молекулни йони са нестабилни и се разграждат спонтанно под формата на по-стабилен йон, който след това се появява като родителски пик. По този начин някои алкохоли, подложени на агресивни йонизационни условия, дехидратират и дават спектър, подобен на този на алкена, получен в резултат на това елиминиране. Тази трудност сега се преодолява чрез използването на метод на нежна йонизация като химическа йонизация.
Някои лесно разпознаваеми ситуации съответстват на загубата на радикален фрагмент, т.е. априори фрагмент с нечетна маса (с изключение на азотен радикал); полученият фалшив родителски пик тогава е пик с нечетна маса, което е първа индикация за невалидност (с изключение на азотните съединения, виж правилото за азот). По този начин, силно разклонените съединения, носещи много метилови групи, могат да дадат фалшив родителски пик на Р-15 (загуба на СН3). За силно метоксилирани съединения се среща подобна ситуация с фалшив пик на изходната маса P-31 (загуба на OCH3).