Разнообразие от прокариоти
Въпросът за мястото на прокариотните организми в системата на живите същества все още не е изяснен окончателно и е един от централните проблеми на микробиологията. През 1977 г., въз основа на данни от молекулярната таксономия, предядрени организми, или Прокариоти били разделени на царства архебактерии (Археобактерии) и еубактерии (Евбактерии). Впоследствие, за да подчертаят разликите между тях, те бяха преименувани на домейни (таксономичен ранг над царството) Архея и Бактерии съответно. Тези два домейна, заедно с еукариотите, станаха основата на тридоменната система, която днес е общоприета класификация в биологията.
Според детерминанта на Берг всички прокариоти са разделени на групи, които нямат таксономичен статус. Всички открити в него бактерии са разпределени в царството на Прокариота, което е разделено на 33 групи. Ще опознаем само някои от тях.
Спирохети ( Спирохети ) - грам-отрицателни бактерии, които имат спиралови клетки с бичури. Те карат бактериалното тяло да се върти, което позволява на спирохетата да се движи от място на място. Повечето от тях живеят свободно. Много спирохети са патогенни за хората и животните. Видове от рода Лептоспира причиняват лептоспироза, Treponema pallidum - сифилис. Спирохетите също причиняват пародонтит, дигитален дерматит при говеда и свине и човешка дизентерия. Някои неболни спирохети представляват особен интерес, като симбионти на червата на термитите.
Актинобактерии ( Актинобактерии, остаряло наименование на актиномицети ) - грам-положителни бактерии с гъбична мицеларна структура. Те имат способността да образуват извънклетъчни ензими за разграждането на сложни биополимери, поради което той е основната връзка в разлагането на органичните вещества. Разпространява се в почвата, тинята на водните тела, върху растителните остатъци. Сред тях има фиксиращи азот симбионти от елша и други небобови растения (например Frankia), патогенни форми, които причиняват актиномикоза. Актиномицетите (напр. Стрептомицети) са активни производители на антибиотици.
Микоплазма ( Микоплазма ) - най-малкият сред известните клетъчни прокариотни организми. Те, за разлика от еубактериите, нямат клетъчна стена, не образуват спори и имат половината генетичен материал, отколкото при другите прокариоти. Микоплазмите могат да бъдат паразити или сапрофити. Няколко вида са по-специално човешки патогени Mycoplasma pneumoniae, което е един от причинителите на пневмония и Mycoplasma genitalium, което причинява възпалителни заболявания на гениталните органи. Сега има около 40 известни болести по растенията, причинени от микоплазми. Те са устойчиви на антибиотици като пеницилин.
Протеобактерии ( Протеобактерии ) - това са грам-отрицателни бактерии с външна мембрана, изградена предимно от полизахариди. Много от тях се движат с помощта на бичури, ворсинки или други бактериални плъзгащи механизми. Сред патогенните бактерии от тази група причинителят на коремен тиф ( Salmonella typhi ), холера ( Вибрион холера ), чума ( Yersinia pestis ), стомашни язви ( Хеликобактерпилори ) и други. Други свободно живеещи организми. В допълнение, тази група включва и много видове бактерии, които са отговорни за фиксирането на азота. миксобактерии- уникална група бактерии, които могат да образуват многоклетъчни плодни тела. Миксобактериите се хранят, като ловуват други бактерии. Обикновено пътуват на големи групи, съставени от множество бактерии. Те се нуждаят от това, за да осигурят висока концентрация на извънклетъчни ензими, за да убият и усвоят плячката. Миксобактериите произвеждат и отделят различни химикали

Рикетсии, проникващи в клетка на мишка
полезни в биомедицинската индустрия, като някои антибиотици. Тази група включва и рикетсия, кръстен на Г. Рикетс, който през 1909 г. за първи път описва причинителя на петнистата треска в Скалистите планини. Повечето от описаните видове живеят като ендосимбионти в други клетки. При хората рикетсиите причиняват остри фебрилни заболявания - рикетсии. Причинителите на епидемичен тиф ( Rickettsia prowazekii ), пренасяни от кърлежи рикетсиози ( Rickettsia sibirica ), Петниста треска в Скалистите планини ), цуцугамуши треска ( Рикетсия цуцугамуши ). Патогенните за хората рикетсии, с редки изключения, се предават чрез ухапване от заразени въшки, кърлежи и бълхи.