Изискват се разпоредби за чревните бактерии
В медицината се развива двупосочен процес, свързан с нашата микробиота: от една страна, регулирането на фекалната трансплантация и от друга страна, създаването на синтетични чревни бактерии за лечение и профилактика на различни заболявания.
Неизвестни странични ефекти
Първият известен случай на неочаквани странични ефекти е кльощава пациентка, която е била със затлъстяване след фекална трансплантация или е имала обостряне на възпалително заболяване на червата, но както пише Джесика Хамзелу в друга статия на New Scientist, мнозина предупреждават различни бактериални, вирусни и гъбични инфекции също могат да се предадат чрез фекална трансплантация следователно може да бъде процедурата трябва да се регулира по същия начин като кръвопреливането. Американските здравни власти препоръчват дарителите на изпражнения да попълнят същия въпросник, който попълват донорите на кръв, и да проверят изпражненията за патогени. Както показва обаче историята на преливането, неизвестни патогени могат да представляват опасност: много хиляди хора са се заразили с вируса на хепатит С и ХИВ, когато все още не сме знаели за патогена или когато не сме филтрирали кръвни продукти за тези патогени.
Голяма част от взаимодействието на бактериите, изграждащи микробиома помежду си и с човешкото тяло, е неизследвано, но сега вече знаем например, че докато някои чревни бактерии предпазват от рак на дебелото черво, други имат точно обратния ефект. Поради всички тези причини FDA и подобен здравен орган в Канада наскоро издадоха директива, която фекална трансплантация в допълнение към терапията на устойчива на антибиотици инфекция с C. difficile трябва да се третира като с ново лекарство: може да се използва в контекста на клинично изпитване, за което се иска разрешение. Както отбелязва New Scientist, EMA вярва, че трансплантацията на изпражнения, тъй като не е лекарство, е извън неговата компетентност и в момента може да се използва от всеки, който има показания.