Идентифициране на протеина ClpB (казеинолитична пептидаза В), миметик на невропептида

обобщение

Дисциплиниран

Експериментални/клетъчни и молекулярни механизми.

пептидаза

Въведение и цел на изследването

Установени са многобройни промени в чревната микробиота (или дисбиоза) при пациенти със затлъстяване или анорексия. Всъщност е доказано увеличение на популацията, принадлежаща към реда на Enterobacteriaceae и по-специално на щама Ешерихия коли при анорексия. Това увеличение е обратно свързано с индекса на телесна маса. По този начин, Enterobacteriaceae биха могли да играят ключова роля в развитието и/или поддържането на хранителни разстройства и затлъстяване. Последните проучвания показват, че щамът Ешерихия коли K12 (Е. coli), принадлежащи към Enterobacteriaceae, е способен да произвежда протеин, притежаващ мимикрия с аноректичния невропептид α-MSH (α-меланоцит-стимулиращ хормон): ClpB (казеинолитична протеаза В). Целта на това проучване е да потвърди експресията на ClpB в друг щам ентеробактерии, Хафния алвей 4597 чрез LC-MS/MS протеомичен подход, наречен „Независимо събиране на данни”(DIA).

материали и методи

За това проучване, протеини от три култури на H. alvei 4597 и Е. coli K12 бяха използвани. За да се открият само протеини, имащи подобни последователности с α-MSH, беше проведено имунопреципитация с анти-α-MSH антитяло и след това беше извършена LC-MS/MS DIA техника. Получените данни бяха анализирани с помощта на софтуера Spectronaut Pulsar 11 (Biognosys) и резултатите бяха кръстосани с бази данни отЕ. coli (UniProt TrEMBL, 83333) и ’H.alvei (UniProt TrEMBL, 13337) с цел идентифициране на протеини. Само протеини с Q-стойност 0,001 и едно log2 пъти промяна > 0,4 ​​бяха разгледани в това проучване.