Генна карта на клиничната полезност за синдрома на натоварване - актуализация от 2015 г. - European Journal of
Теми
Актуализация за: European Journal of Human Genetics (2011) 19., doi: 10.1038/ejhg.2011.45; публикувано онлайн на 16 март 2011 г.
1. ХАРАКТЕРИСТИКИ НА БОЛЕСТТА
1.1 Наименование на болестта (синоними)
CHARGE синдром (CHARGE асоциация, синдром на Hall - Hittner).
1.2 OMIM номер на заболяването
1.3 Име на анализираните гени или ДНК/хромозомни сегменти
1.4 OMIM номер на гена (ите)
1.5 мутационен спектър
Преобладаващо хетерозиготни варианти на единичен нуклеотид, които засягат протеиновата функция (44% глупости, 34% смяна на рамката, 11% място на снаждане и 8% миссен). По-малко от 5% делеции или микроделеции на целия екзон от 8q12.1, включително CHD7 (//www.chd7.org/). 1
1.6 Методи за анализ
Секвениране на всички кодиращи екзони, включително техните CDH7 граници чрез секвениране на Sanger, като част от насочен генен панел за менделови синдроми или чрез цялостно секвениране на екзоми. 2 MLPA, покриваща повечето от кодиращите екзони, включително 5′UTR и първия некодиращ екзон на CHD7. 3 CGH таблица в избрани случаи. Конвенционалната цитогенетика обикновено е нормална. Преместванията на точката на прекъсване чрез CHD7 са докладвани случайно. 1
1.7 Аналитично валидиране
Анализът на последователността открива> 99% от (единични) нуклеотидни варианти, присъстващи в района на изследване. За техниките на паралелно секвениране честотата на фалшивите отрицателни зависи от покритието на гена с панела или използваната платформа. MLPA има прогнозна чувствителност> 90% за отделни екзони и> 95% за делеции, покриващи повече сонди.
1.8 Приблизителна честота на заболяването (честота при раждане (разпространение при раждане) или разпространение сред популацията)
Разпространение при раждане = 1: 15 000–17 000. 1
1.9 Ако е приложимо, разпространение в етническата група на изследваното лице
Понастоящем няма данни за различно разпространение сред етническите групи.
1.10 Диагностични настройки
Не е приложимо.
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НА ИЗПИТВАНЕТО
2.1 Аналитична чувствителност
(дял на положителните тестове, ако генотипът е налице)
Зависи от използвания метод. Ако се извършва само последователност на CHD7, изтриванията се пропускат. При по-малко от 5% от пациентите синдромът CHARGE се дължи на делеция на цял екзон или цели гени. 3, 5 Ако последователността на Sanger се комбинира с MLPA, чувствителността е почти 100%. За техниките на паралелно секвениране аналитичната чувствителност зависи от покритието на гена в панела или от използваната платформа.
2.2 Аналитична специфичност
(дял на отрицателните тестове, ако генотипът не е налице)
Аналитичната специфичност е почти 100%. Някои варианти могат да бъдат тълкувани погрешно като причиняващи заболяване. Алгоритъм за тълкуване на варианти на миссенс е публикуван от Bergman et al. 6
2.3 Клинична чувствителност
(дял на положителните тестове, ако заболяването е налице)
Клиничната чувствителност може да зависи от различни фактори като възраст или фамилна анамнеза. В такива случаи трябва да се даде общо изявление, въпреки че количественото определяне може да се направи само за всеки отделен случай.
Клиничната чувствителност зависи от използваните клинични критерии. При повече от 90% от пациентите, отговарящи на критериите на Blake et al. 7 или Verloes et al. 8 е открит болестотворен вариант. 9 При 30% до 60% от хората, заподозрени в синдром на CHARGE, се открива болестотворен вариант. CHARGE синдром 1, 10 често може да бъде изключен, ако пациентът не отговаря на клиничните критерии и не носи болест, причиняваща вариант или заличаване на CHD7.
Клиничната вариабилност на синдрома е значителна. Ако диагнозата се основава на Blake et al. 7 или Verloes et al. 8 критерия, някои хора със синдром на CHARGE ще бъдат пропуснати. Клиничната специфичност на тези критерии е приблизително 85%, тъй като 14 до 17% от пациентите с вариант, причиняващ CHD7 заболяване, не отговарят напълно на тези критерии. 4 Bergman et al. 6 критерия, дефинирани за скрининговия тест за CHD7 и показаха, че ако тези критерии се използват, рискът да не се предложи тест на пациент с вариант, причиняващ CHD7 заболяване, е изключително нисък. 4 Но трябва да се има предвид, че краят на мекия фенотипен спектър все още се разширява. Имайте предвид, че някои пациенти с мутации на CHD7 също съответстват на диагнозата синдром на Kallmann. В по-лекия край на фенотипния спектър, пациентите с варианти, причиняващи CHD7 заболяване, могат да се проявят с хипогонадотропен хипогонадизъм с някои допълнителни незначителни характеристики на синдрома CHARGE. 11, 12, 13
Някои състояния могат да имитират синдром на CHARGE: синдром на делеция 22q11.2, комбинация VACTERL, мутации на SOX2, мандибулофациална дизостоза, хромозомни нарушения (напр. Делеции 3p12p21.2), p21.2: p12-> qter) и подобен фенотип на CHARGE. Am J Med Genet 1997; 69: 413–417. "Href =/articles/ejhg201515 # ref14 aria-label =" Reference 14 "data-track = щракнете върху data-track-label = link> 14 нарушения, причинени от тератогени (напр. Майчин диабет, Accutane) и синдром Kallmann 13