Енергия - свързване на енергийните калории - CiupaCabra

Опитвам се да оптимизирам взаимодействията за поредица от произволни молекули и да тествам протеин с помощта на докинг софтуер. Софтуерът използва QM/MMGBSA за изчисляване на свободната енергия в джаули (да, това не е измерване, но е много последващо). По-големите молекули автоматично имат повече свободна енергия, тъй като имат висок енергиен потенциал. Бих искал да разделя свободната енергия на количеството атоми в молекулата или на общия брой молекули на Далтон. Идеята би била да се нормализира енергията и да се осигури количеството калории, свързани с връзката. Помолих университетски професор да измери ефективността на дадена връзка по този начин и той каза, че не знае какво ще предложи джаул/маса. Изглежда, че количеството необходими калории е в състояние да се класифицира правилно с правилните размери на жизнеспособността 2 положителни и 1 отрицателни контроли, но имам нужда тази идея да мине партньорска проверка. Това е моята разумна обосновка на Джоул/Далтън?

свързване

Той измерва енергията на свързване на azttp (AZT трифосфат), gtp (гуанин трифосфат) и AZTppppA (AZTP + AMP) върху напречен ХИВ от див тип (8ICO). За моята отрицателна проба (AZT + AMP) се използват 8 висококачествени конформера и независими докове с QM/MMGBSA, 5 конформа за основната ми положителна проба (AZTTP) и 1 конформер за второстепенната положителна проба (gtp). Имам два или три висококачествени конформера чрез едни и същи процеси за всяка тестова проба.

HIV RT има тунел, в който нуклеотидните аналози преминават през джоб, където, ако една молекула се свързва ефективно, тя се приема, но ако не успее, се фосфорилира и екскретира. Опитвам се да създам показател, който може да се използва за измерване на ефективността на дадена връзка и да ми позволи да изведа вероятността за отхвърляне (само). Тъй като прозорецът/кутията на дока е малък и не се променя за всеки тестван субект, бих искал да считам HIV-RT за константа.