Два пъти доктор
Самият Ермухан Бекмаханов е чингизид по произход, той е потомък на хана на Средния Жуз Уали, син на Абилай Хан от втората му жена калмик. Уали Хан имал син Тауке, Тауке имал син Жанпейс, Жанпейс имал син Жанбобек, Жанбобек имал син Бекмахан, Бекмахан имал син Беген, Беген имал син Йермухан. Бащата на Йермухан почина, когато момчето беше на 5 години, а майка му отгледа три деца сама. Ермухан е роден през 1915 г. в района Баян-Аул. Единственият му брат Динши умира през 1930 г., а сестра му и майка му умират от глад през 1933 г.
По това време тези събития бяха определени като „феодално-буржоазно въстание, ръководено от казахското дворянство“, докато Бекмаханов настояваше за определението „освобождение на народа“. Важно е да се отбележи, че в Москва много учени дадоха добра оценка на монографията на Бекмаханов, но някои от колегите му бяха на друго мнение и срещу него започнаха да се пишат доноси. Бекмаханов беше обвинен в изкривяване на исторически факти. Те бяха наречени „буржоазен националист“. В резултат на това Висшата атестационна комисия дълго време не одобрява докторската степен. Одобрението трябваше да изчака почти две години. Самата монография е публикувана през лятото на 1947 г., след което враговете на Бекмаханов започват да обвиняват учения с нова сила в национализъм, възхвалявайки феодално-буржоазната система и идеализирайки хан Кенесарий.
Когато се роди първородният, Бекмаханов без колебание го нарече Ермухан. Въпреки че не е обичайно казахите да наричат дете с името на родител, Бекмаханов, който по това време не е имал нито един близък роднина, е казал: „Нека животът ми продължи в моя син“. След одобряването на званието доктор на науките, Ермухан е назначен за заместник-директор на Института по история на Академията на науките на Казахската ССР.
През лятото на 1950 г. Халима и Йермухан имаха втори син, Сермухан.
Първата половина на 50-те години беше трудна за учения. Въпреки всички опити да се защити, той не успя да избегне преследването. След обсъждането на статията „За марксисткото отразяване на историята на Казахстан“ Ермухан беше изключен от редиците на комунистическата партия, лишен от всички академични степени и звания, уволнен от KazSU.
Трябваше да почука на прага на различни власти, за да получи разрешение да преподава в селско училище. Първо, той е изпратен в района на Наринкол в района на Алмати. Тъй като това е гранична зона с Китай, властите, страхувайки се от бягство, го прехвърлиха в село Новотроицк в района Шуйски в област Джамбул.