Тупак Амару II
Завоеванията на Перу от испанските конкистадори са инициирани от Франсиско Писаро през първата половина на 16 век, а от това време до началото на 19 век на територията на Вицекралството на Перу и други колониални владения на Испания, големи и малки въстания на индианци срещу колониалистите не спряха. Те не можеха да бъдат спрени нито от изгарянето на бунтовнически села, нито от наказателни набези и унищожаване на цели племена, нито от жестоките екзекуции на водачите на бунтовниците. Испанските завоеватели дори изградиха цяла система от военни гарнизони - „кралски крепости“, но и това не се оправда. Борбата за независимост не спря.
От началото на 40-те години на XVI век в Източните Анди се разгръща дълга партизанска война, водена от представители на бившата управляваща династия на инките. Те образуват държавата Novoink с център в планинския регион Вилкапампа. Начело на новата държава беше Саири Тупак, син на Манко Инка, който пръв започна въоръжена борба срещу испанците. По време на неговото управление границите на държавата се разширяват до горното течение на Амазонка и населението се увеличава до 80 хиляди души. През 1555 г. Сайре Тупак започва военни действия срещу испанците. Испанците многократно изпращаха посолства до Вилкапампа, за да водят дипломатически преговори и да изработват почтени условия, при които наследниците от династията на инките могат да сложат оръжие. Тези условия, сред които висок годишен наем, богати награди и други, постигнаха частичен успех. Сайри Тупак посещава Лима, където през 1558 г. е кръстен заедно с голяма свита. Той премести резиденцията си в по-топлия климат на долината Укай. Но неговата политика на „мирни отношения“ с колониалистите не се хареса на много аристократи от инките и Сайри Тупак беше отровен от собственото си обкръжение. След смъртта му властта е наследена от брат му Титу Куси Юпанки, който възобновява войната. Всякакви опити на конкистадорите да завладеят независимите индианци били напразни. През 1565 г. Диего Родригес посещава цитаделата на инките във Вилкапампа, за да привлече владетеля от скривалището, но мисията му е неуспешна. На следващата година друг мисионер прави подобен опит, но по време на преговорите Титу Куси се разболява и умира. Впоследствие индийците убиха още няколко испански посланици. И все пак беше подписано споразумение за „вечен мир“. Титу Кузи се признава за васал на испанския крал в замяна на това, че е признат за законен наследник на династията на инките. По този начин той се опита да избегне военна конфронтация и многобройни нови жертви сред индианците. Споразумението беше изпратено за одобрение на крал Филип II, но смъртта попречи на Тит Кузи да чака плодовете от своята дейност.
През 1570 г. на власт идва най-малкият от синовете на Манко Инка, Тупак Амару I. След като става наследник на властта на инките, той отказва да признае примирието и продължава борбата, започната от баща му. Всички емисари на наместника на Толедо намериха смърт във Вилкапампа, което породи нова война. До май 1572 г. в Куско се събира мощна експедиция, която включва както испанците, така и индийските племена, традиционни противници на инките. Бяха обещани големи награди и разузнаването беше извършено старателно. Първата битка се проведе на моста Чукичако, а след това стана ясно, че силите очевидно не са равни. Но инките продължиха да се съпротивляват смело. Крепостта Вилкапампа беше на върха на стръмен каньон и изглеждаше непревземаема. Може би испанците не биха могли да превземат крепостта, но дезертьорите са й дали път. Правейки пропуски в стените, наказателни отряди нахлуват в крепостта и след ожесточена битка я превземат. Тупак Амар успя да замине за селвата със семейството си и някои свои съмишленици. Но той не успя да се скрие дълго време. Издаден от един от роднините му, той скоро попада в ръцете на испанците. Свещените реликви от династията на инките, включително златният идол на Пунчау, в чиято кухина се пазела пепелта от изгорелите сърца на предишните владетели на инките, станали тяхна плячка. Тупак Амару и командирите с нашийник бяха отведени в Куско. Тук през 1572 г., на главния градски площад, с голям брой хора, те бяха обезглавени. Екзекуцията е извършена в присъствието на съпругите и двете малки дъщери на Тупак Амару.
С падането на Вилкапампа и екзекуцията на последния върховен инка, испанците успяха (за известно време) да установят относително спокойствие в Перу. Може би точно тогава се е родила индийската легенда за Инкари, царят на инките. Според нея испанците са екзекутирали някога легитимния владетел на инките. Погребали отсечената глава или в Куско, или в Лима. Главата обаче продължава да живее дори след смъртта. Тя отглежда ново тяло. Веднага след като Инкари се прероди, той ще се изправи и ще прогони всички външни хора. Древното царство на инките ще се издигне от пепел и руини. На земята ще царуват мир, справедливост и просперитет.