Реконструкция на симетрични конформации
4.4. Реконструкция на симетрични конформации
По-рано (вж. Раздел 3.2.) Видяхме, че симетричните конформации на графика са разположени отстрани на главния диагонал в блоковете Суперматрица. Например в блок 11 две симетрични графики (фиг. 39) са описани чрез симетрични матрици 101 111 и 11 1 1 01:
б
r
Фигура: 39. Симетрични конформации на блокова графика с 4 връзки единадесет (а, в) и техните матрични описания (б, г)
Възниква въпросът: какви трябва да бъдат операторите, които пресъздават симетрични конформации? Помислете за два оператора на свързаност - с къса (лява) и по-дълга (дясна) верига (фиг. 40):
б
r
Фигура: 40. Оператори за свързаност (a, c), които пресъздават симетрични протеинови конформации и техните матрични описания (b, d)
Както може да се види на Фигура 40, а, операторът с къса верига, дължаща се на X1 H, образува водородна връзка с Oi-4 = C и насърчава образуването на водородна връзка в основната верига n Ni H. Oi-4 = C (атомите i и i-4 са свързани, в матрицата x3 = 1, фиг. 40, b). Той дърпа цялата система нагоре и наляво. Получените силови линии са насочени от атоми i и i-2. Между тях възниква свързан ръб (в матрицата x1 = 1). Следователно матрицата съдържа 1 0 1 .
Операторът с по-дълга верига (фиг. 40, в) образува водородна връзка с Oi-4 = C поради X2 H и също допринася за образуването на водородна връзка на основната верига Ni H. Oi-4 = C ( атомите i и i-4 са свързани, x3 = 1). Той дърпа системата нагоре и надясно. Силовите линии ще бъдат насочени от атоми i-2 и i-4 и между тях възниква свързан ръб (в матрицата x6 = 1, фиг. 40, d). Третата колона на матрицата ще съдържа 1 0 1 .
Подобни заключения могат да се направят при разглеждане на антисвързани оператори. От нашия анализ следва, че симетричните конформации трябва да се възпроизвеждат от различни физически оператори. Нека проверим заключенията си върху нашата таблица на триплетния генетичен код.