Отец Думитру Стънилоае, в килията от Айуд
Инсталирането на новия политически режим в Румъния завари отец Думитру Стенилоае на поста ректор на Богословската академия в Сибиу. Освен че публикува своите богословски трудове, той интензивно си сътрудничи в „Румънски телеграф“ и „Мислене“, успешно провежда обществени конференции и проповядва с ентусиазъм в митрополитската катедрала. Отношението му беше истински румънско, което ясно показваше, че той не се адаптира към новото време. Освен това бяха известни връзките му с професор Ничифор Крейнич, което го правеше нежелан за режима. През 1945 г. той е заменен от ръководството на „Румънския телеграф“, а година по-късно самият Петру Гроза иска от митрополит Николае Балан да го отстрани от ръководството на академията. По този начин бащата подаде оставка.
През 1947 г. е преместен в Богословския факултет в Букурещ. В следващите години той участва с други интелектуалци в срещите на Горящия Буш в Антимския манастир, опитвайки се да запази жива православната и румънската съвест в тези сурови условия на деклариран атеизъм.
През лятото на 1958 г., когато втората голяма вълна от арести беше пусната от комунистите, тези, които бяха посещавали Горящия Буш, бяха затворени. Сутринта на 5 септември същата година къщата на отец Думитру Станилоае е обърната с главата надолу от Секуритате, които търсят доказателства за ареста му. След няколко часа издирване те конфискуват някои ръкописи и го арестуват. Той беше разследван в Букурещ в продължение на два месеца, като през това време имаше заплахи за смърт. Заедно с други интелектуалци, арестувани по същото дело, отец Станилоае е осъден на 5 години затвор.
Първо го отведоха в Жилава, а след това в Айуд.
Известно е, че интелектуалците се стремят да запазят съвестта си жива дори в суровия режим на задържане. Те проведоха истински конференции там, като всеки споделяше знанията за своята област. Отец Станилоае обясни какво знае най-добре: богословски проблеми.
Сред тези, които разказаха мъките на богослова в комунистическия затвор, беше свещеникът Александру Мунтяну, който в килията си научи гръцки от великия богослов. Друг беше църковният певец Илие Тудор - бащата на добре познатия Тудор Георге. В мемоарите си той разказва как в Айуд една зима по време на гризачите в затвора всички задържани са били събрани в една стая.
„Тогава ние, които се срещнахме само на разходка, всички се озовахме в една стая, около 200 души. Какво щастие! Хора, които не са се виждали от толкова време! На земята, циментът. Разтегнах се така. До мен, слаб, срамежлив старец. Размотах козината, която бях получил изолирано от свой познат и му дадох да я сложи под него. Не знаех, че това е отец Станилоае. Подадох му палтото. Баща ми ми се усмихна топло и ме попита какво е моето убеждение. Отговорих, че ми дадоха 22 години и когато го попитах, той посочи небето, имаше предвид, че Бог знае! Той беше слаб, държаха го за ръцете, защото той едва се движеше. Бях на 35 години и заедно с шест или седем колеги сформирах група. Решихме да помогнем на най-слабите от нас. Говорихме за даване на бащата поне две или три парчета хляб. Получи, благодари за ден-два, но в крайна сметка не искаше да получи, за да не ни застрашава “, казва бившият съкилийник на отец Думитру Стънилоае.
„За какво ми трябваше учител, ако баща ми говори?“ На какво ниво и с каква топлина говори! Гледах: той беше слаб, но каква светлина имаше в очите му! Сякаш топлина излизаше от него, когато той говореше! ”, Написа Или Тудор.
Същият бивш колега от Aiud също каза: „Отец Stăniloae се радваше на голямо уважение и аз не знаех какво да правя и как да му помогна, но той беше с рядка скромност, не искаше да получи нищо. Той беше толкова премерен и разбиращ! Той имаше светлина в очите му и излъчваше от него любов към всички, любов, която едва по-късно разбрах. ".
Отец Думитру Стенилоае е освободен от затвора през 1963 г.
Той живя още 30 години, през което време разработва важните си трудове, ставайки велик богослов от миналия век, а не само на румънското православие.