Как да генерирам и поръчам qPCR грундове
qPCR - полимеразната верижна реакция в реално време е ефективен метод за определяне на генната експресия, базиран на усилването на първоначалния обем на иРНК. Изборът на генния амплификационен сектор изисква чифт олигонуклеотидни праймери 3'-Front и 5'-Reverse, които маркират мястото на амплификация. Този материал ще ви каже как, без много опит и знания, да създадете дизайн на грундове и да наредите техния синтез.
Първо, трябва да определите индекса на транскрипта за избрания ген. В този пример ще разгледаме гена, кодиращ протеина CXCL5, също така трябва да изберете вида, с който работим, зависи откъде сте извлекли вашата РНК, в този пример това е мишка CL57BL6. Сега натиснете "Go" за търсене.
И от получения списък е важно да изберете не самия ген, той обикновено отива първи в търсенето, а именно транскрипта.
Сега кликнете върху транскрипта в получения списък, трябва да копирате идентификатора на транскрипцията в по-голямата част от проектите, ние се интересуваме от протеиновото кодиране Протеиново кодиране, което не съдържа интрон в този пример, идентификаторът на транскрипта е следният: ENSMUST00000031318.5
След това, на базата на получения идентификатор на транскрипт, трябва да определим нуклеотидната последователност, това може да се направи тук на уебсайта на Roche LifeScience в онлайн системата Universal Probe Library.
Кликнете върху Assay Design Center и започнете, като изберете целевия организъм. Отново в случая става дума за Mus musculus (Mouse) мишка. Сега въведете в реда Посочете получената по-горе идентификация на преписа на вашата цел (и) и натиснете Enter или бутона Дизайн.
