Хетерохроматин и еухроматин на междуфазни хромозоми
В зависимост от степента на уплътняване материалът на междуфазните хромозоми е представен от еухроматин и хетерохроматин . Еухроматин се различава в ниска степен на уплътняване и следователно в хлабава "опаковка" на хромозомния материал. В човешкия геном той представлява 2,9 милиарда bp. от 3,2 милиарда bp Еухроматинът е представен главно от ДНК с уникални нуклеотидни последователности. Въпреки че съществуват редица механизми за регулиране на генната активност с различни точки на приложение в спиралата и хромозомата на ДНК, местоположението им в еухроматиновата зона се счита за обща предпоставка за възможността за транскрипция на ДНК места. Гените от еухроматизираната област на хромозомата, веднъж в или близо до хетерохроматизираната област, обикновено се инактивират.
Хетерохроматин се различава във висока степен на уплътняване, тоест в плътна "опаковка" на хромозомния материал. Повечето от тях са представени от умерено или повтарящи се ДНК нуклеотидни последователности. Първите включват многокопийни гени за хистони, рибозомни и транспортни РНК.
Има незадължителен и конститутивен (структурен) хетерохроматин. По избор хетерохроматизация - инструмент за изключване на свързващи групи (хромозоми), геноми или гени от функционирането на известни етапи на онтогенезата или при подходящи физиологични условия. Пример незадължителен хетерохроматин на хромозомно ниво обслужва тяло на половия хроматин (тялото на Бар), образуван в клетките на организмите от хомогаметичния пол (при хората - женски) поради инактивиране на една от двете полови хромозоми от един и същи тип (при хората - X). Гени на хетерохроматизирана хромозома х клетките на женското тяло, с изключение на осем, не се транскрибират (явлението компенсация на дозата в сравнение с индивиди от хетерогаметичния пол: при хората - мъже, които имат чифт полови хромозоми в клетките си XY единична хромозома X). Един от тези осем гена е активен само върху хетерохроматизирана хромозома х, седем други и на двете. Някои от тези гени участват в контрола върху развитието на половите жлези и плодовитостта (способността за възпроизвеждане) в тялото на жената. Хромозомна хетерохроматизация х настъпва на 16-ия ден от ембрионалния период на човешкото развитие. Центърът на хетерохроматизацията и по този начин генетичното инактивиране се намира директно върху хромозомата х.