AG Salinas - Институт за човешка генетика

Д-р Габриела Салинас
Ръководител на работната група
[email protected]

Жаклин Финк
Технически асистент
[email protected]

Сузане Лутин
Технически асистент
[email protected]

Фокус

Проекти

Публикации

Фокус

Междувременно високопроизводителното секвениране (Next-Generation Sequencing, NGS) се е утвърдило като технология и се използва за анализи в голямо разнообразие от изследователски приложения във всички области на науките за живота. Това се отнася и за клиничния контекст, където той опростява диагностиката и дава възможност за терапевтични подходи, базирани на персонализирана медицина. В същото време той повдига нови технологични, правни и етични въпроси, на които трябва да се отговори.

Целта на нашата изследователска група е да улесни достъпа до най-новите и най-модерни NGS технологии, методи и платформи и да подкрепи нашите партньори по сътрудничество и потребители по пътя им към надеждни резултати от научните изследвания с нашия богат опит в областта на биоинформатиката.

Също така използваме резултатите и напредъка, постигнати в нашите изследователски проекти, за непрекъснато подобряване и разширяване на ресурсите и услугите, които предлагаме в рамките на NIG, услугата за интегративна геномика на NGS в Университетския медицински център Гьотинген.

Проекти

Разработване на нова платформа scRNA-Seq от CellenONE X1 и ICELL8

Базираните на NGS технологии за геномни, транскриптомни и епигеномни проблеми все повече се фокусират върху характеризирането на отделните клетки. С помощта на едноклетъчно секвениране (SCS) могат да се дешифрират сложни хетерогенни клетъчни популации и регулаторни взаимоотношения между клетъчните типове и да се проследи пътят на развитие на специфични клетъчни подтипове в тъкан. Това също са съществени въпроси в различни проекти на SFB1002 в UMG, който изследва как болестните състояния, стратегии за лечение и целеви модулации засягат различни клетъчни популации на сърцето при заболявания при хора и при животински модели.

Нашата група работи върху разработването на платформи за едноклетъчни NGS с цел подобряване на изолирането на единични клетки, т.е. първата и критична стъпка. Използвайки CellenONE X1 за клетъчна изолация, постигаме разпределяне на клетки с висока ефективност (почти 100%), висока степен на оцеляване, висока прецизност, висока производителност и с добра документация и визуализация на изолираните клетки.

За висока производителност, отделни клетки от CellenONE X1 се разпределят върху плака с 5184 ямки от Takara, плаката ICELL8 с или без индексиране на етикета в зависимост от създаването на библиотеката (напълно автоматизирана). Налични са три различни протокола за scRNA-Seq: a) 3 'базиран на края подход, b) подход за mRNA-Seq с пълна дължина и c) общ RNA-Seq подход с технологията SMART от Takara . Системата позволява прилагането на методи за секвениране на ДНК, както и базирани на Nextera библиотеки (ATAC-Seq).

Директна RNA-Seq с помощта на технологията Oxford Nanopore

Секвенсерът MinION е преносим дълго четен секвенсор. След няколко актуализации точността му на последователност вече е над 90% и очакваният брой четения на поточна клетка е няколкостотин хиляди на поточна клетка. Дължината на четене също е подобрена и сега достига дължина на четене N50 от над 100 kb. В момента тестваме използването на MinION за RNA-Seq с R7.3 MionION проточна клетка и за едноклетъчна RNA-Seq с R7.3 и 9.4 проточни клетки.

In situ РНК секвениране със задържане на пространствена информация

Тази техника е иновативен подход, който предоставя информация за едноклетъчни транскриптоми или силно мултиплексирана генна експресия за анализ на тъкани или клинични проби (биопсии), без да са необходими протоколи за дисоциация на тъканите. Това представлява технологична революция, особено за клиничните изследвания.

Протоколи в заведението

В момента се установяват следните протоколи:

Изолация на ядрото за едноядрена RNA-Seq (SNS) за ICELL8
Изолация на ядрото за едноядрена RNA-Seq (SNS) за 10 х геномика
Подходи за едноклетъчна обща РНК последователност

Техники за задълбочено обучение за асоциативни изследвания на транскриптома и динамиката на системите в тъканната морфогенеза

В тази инициатива учени от теорията на информацията, теоретичната неврология, транскриптомиката и биологията на клетките и развитието работят заедно, за да комбинират за първи път данните за изображения и експресия и по този начин да разберат връзките между генната експресия в отделни клетки и поведението на клетъчните групи. Целта е да се автоматизира динамичната реконструкция на тъканите от мащабни данни за изображения на живо, като се използва дълбоко обучение за идентифициране в реално време на отделни клетки в ключови точки в ембриона и техния транскриптомен анализ.

Проектът се финансира от Министерството на науката и културата на Долна Саксония (MWK) и фондация Volkswagen като част от търга „Големи данни в науките за живота на бъдещето“.

Към прессъобщението на UMG

KFO 5002 "Характеризиране и насочване на динамиката на генома за подтип-специфична терапия на рак на панкреаса"

Централен проект CP2

Допълнителна информация за KFO 5002

SFB 1002 "Модулаторни единици при сърдечна недостатъчност"

Центърът за съвместни изследвания (SFB) 1002, финансиран от DFG, има за цел да разбере по-добре подробностите и взаимоотношенията, свързани с широко разпространеното заболяване на сърдечната недостатъчност („сърдечна недостатъчност“). Целта на изследователите на SFB е да разработят нови методи за по-ефективно лечение на сърдечна недостатъчност. За целта те изследват избрани сигнални пътища, които установяват комуникация между различните клетки в сърцето и най-малките функционални единици в сърдечните клетки, така наречените функционални микродомени, и играят роля в развитието на сърдечна недостатъчност.

Допълнителна информация за SFB1002

Публикации AG Salinas

2015 г. и по-рано

Дългосрочни ефекти на емпаглифлозин върху възбуждането-свиване-свързване при индуцирани от човека плурипотентни кардиомиоцити на стволови клетки
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020, 9 октомври. [Epub пред печат]

Транслатомът на моторния неврон разкрива дерегулация на SYNGR4 и PLEKHB1 в мутантни модели на TDP-43 амиотрофична странична склероза
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 юли: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Онлайн преди печат.

Характеризиране на циркулиращи клетки на рак на гърдата с туморогенен и метастатичен капацитет
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 юли: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Онлайн преди печат.

Интронично възстановяване на CRISPR в предклиничен модел на кардиомиопатия, свързана със синдром на Нунан
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Тираж. 2020 юли 6. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Онлайн преди печат.

ДНК метилиране-медиирана модулация на ендоцитозата като потенциален механизъм за регулиране на синаптичната функция в миши инхибиторни кортикални интерневрони
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 1 юни; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сиалилирането на IgG Fc се регулира по време на реакцията на зародишния център при имунизация с различни адюванти
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B., Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 май: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

De novo мутациите в FBRSL1 причиняват нова разпознаваема малформация и синдром на интелектуална инвалидност
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 г. 18 май.

Инхибирането на автофагичния протеин ULK1 намалява дегенерацията на аксоните in vitro и in vivo, подобрява транслацията и модулира сплайсинга
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 27 април. Doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub преди печат]

Разнообразие от клинично значими резултати, резултат от хипофракционирана радиация в огледалата на стволовите клетки на човешкия глиом Различни модели на транскриптомни промени
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Раци (Базел) 2020 1 март; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/рак12030570.

Амонийът действа системно, докато нитратът оказва допълнителен локален ефект върху възлите на Medicago truncatula
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Растителна Sci. 2020 март; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 дек.

Повишено присъствие и диференциално молекулно отпечатване на транзитно усилващи клетки при псориазис
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Handel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 януари; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 дек.

CRISPR-медиирано активиране на ендогенна генна експресия в постнаталното сърце
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 януари; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 ноември.