Серумни лектин-ii-свързващи гликопротеини на гликопаттерн и maackia amurensis в

серумни

  • Теми
  • Резюме
  • Въведение
  • Резултати
  • Промяна на Glycopattern в серуми на ASD срещу TD
  • Идентифициране на MBG
  • MBG анализ на генната онтология
  • Анализ на мрежата от протеинови взаимодействия и пътищата на KEGG
  • Предпочитание за шаблон на последователността на MBG
  • Експресия на MBG и сиалогликозилиране в отделни серумни проби
  • Дискусия
  • Материали и методи
  • Одобрение на проучването
  • Теми
  • Вземане и подготовка на проби
  • Лектинов микрочип и анализ на данни
  • Серумен микрочип и анализ на данни
  • Изолиране и усвояване на MBG
  • LC-MS/MS анализ
  • Без етикет относително количествено определяне чрез изчисляване на спектрален индекс
  • Извличане на данни и биоинформатика
  • Лектин/глико-антитела микрочипове и анализ на данни
  • Допълнителна информация
  • Допълнителна информация
  • PDF файлове
  • Допълнителна информация
  • Excel файлове
  • Допълнителни таблици
  • коментари

Теми

  • Нарушения на аутистичния спектър
  • Биомаркери
  • Гликомика

Резюме

Инструментите за протеомика позволяват широкомащабен, автоматизиран, базиран на технологията режим на изследване, който може да определи целия протеом в дадена телесна течност без предварително предположение за кандидат-молекули 12. Въз основа на това се установи, че общо пет пептидни компонента, съответстващи на четири известни протеина [Аполипопротеин (апо) В-100, Комплемент фактор H, свързан протеин (FHR1), Комплемент C1q и Фибронектин 1 (FN1)] са по-важни за аутизма срещу команди 13. Три пика на потенциални биомаркери показаха m/z съотношения от приблизително 4, 40, 5, 15 и 10, 38 kDa значително диференцираха пробата TSA от контролната група при анализ на цели протеини, а не на пептиди след разграждане с триптих 14 .

Изображение в пълен размер

Резултати

Промяна на Glycopattern в серуми на ASD срещу TD

Структурата на лектиновия микрочип и получените гликопротеини на серумните гликопротеини, дефинирани от микрочиповете за групите ASD и TD, са показани на фиг. 2А, Б. Оригиналните данни бяха импортирани в EXPANDER 6.0 за йерархичен клъстер анализ (Фигура 2С). Нормализираната интензивност на флуоресценция (NFI) и специфичността на свързване на захарта за всеки от 37-те лектина от двете групи са обобщени в таблица S1. В резултат на диференциалния анализ пет лектина показват значителни разлики между групите ASD и ASD. MAL-II (Siaα2-3 Gal/GalNAc) и MAL-I (Siaα2-3Galβ-1, 4GlcNAc и Galβ-1, 4GlcNAc) представиха най-значително увеличения NFI (фактор на вариация = 3, 33 и 2, 20, p

( AT ) Оформление на лектиновия микрочип. ( Б. ) Изображения на Cy3-маркирани серумни протеини от TD и ASD, свързани с лектинови чипове. Флуоресцентните изображения бяха сканирани със 70% фотоумножителна тръба и 100% настройки на мощността на лазера в конфокален скенер Genepix 40 00B. Показана е част от предметното стъкло с три репликирани лектинови таблици. Лектините показват значителни разлики, отбелязани с бели кутии. ( СРЕЩУ ) Йерархичен класификационен анализ на NFI за 37-те лектина на TD-1

5. Пробите са изброени в колони, а лектините в редове. Цветът и интензивността на всеки квадрат показват нивата на изразяване спрямо останалите данни в реда. Червено, високо; зелено, ниско; черен, среден. Жълтите и сините кутии показват по-висока и по-ниска интензивност на свързване на лектин в TSA спрямо TD серуми. ( д ) Диференциален анализ на NFI за пет лектина TD-1

Изображение в пълен размер

MBG анализ на генната онтология

Анализ на мрежата за протеиново взаимодействие и пътищата на KEGG

Общо 184 от идентифицираните MBG са коментирани в DAVID Bioinformatics Resources (версия 6.7). Тези MBG са картографирани в 6 KEGG ленти с прагове на броене ≥5 и е идентифицирана р-стойност от 30 (допълнителна фигура S1). Честотите на аминокиселините, специфични за позицията на околните остатъци от аспарагин (13 аминокиселини в двата края), бяха сравнени и моделът [AVH] [KR] xNxxNxSxxxY (където "x" означава всеки остатък, [AVH] и [KR] представлява няколко аминокиселинни остатъка, които могат да се появят на място и точката на куршума показва възможен гликозит) са идентифицирани като възможен модел на N-гликозилиране около аспарагин (фиг. 3G) Интересното е, че мотивите xxxxxxQSDxxYK и xxxxxxHHGSxSGx бяха значително свръхпредставени (увеличение = 81, 62 и 67, 07) в данните на MBG (фиг. 3G), което може да представлява 0-свързани мотиви на гликозилиране около остатъците от серин за гликопептидния домейн свързан с α2-3. За по-нататъшно потвърждаване на O-гликозитите в MBG, все още са необходими допълнителни проучвания.

Експресия на MBG и сиалогликозилиране в отделни серумни проби

Уестърн блот се провежда за проверка на експресията на C8B, серотрансферин (TF), C1QA и APOD в отделни серумни проби. В резултат на това експресията на C8B и TF беше увеличена и експресията на C1Q беше намалена в четири тествани проби TSA в сравнение с четири TD проби, което съответстваше на резултатите от MS (Фигура 4А). Експресията на APOD обаче не се различава значително между пробите TD и ASD (фиг. 4А). LGAMs са проектирани да открият свързано с α2-3 сиалогликозилиране на C8B, TF, C1QA и APOD в 15 отделни серумни проби от TD и 15 ASD (фиг. 4В). Съответно не е установена значителна разлика за C8B, TF и ​​C1QA сиалогликозилиране между две групи. Въпреки това, α2-3 сиологикозилирането на APOD е ​​значително увеличено в пробите TSA в сравнение с пробите TD (p = 0.004) (Фиг. 4C). Анализът на ROC кривата разкрива, че серумните нива на сиалогикозилиран α2-3 APOD дават AUC от 0,88, със специфичност от 86,7% и чувствителност от 80,6% за разграничаване на ASD от TD (фигура 4D).