NIG NGS услуга за интегративна геномика - Институт за човешка генетика

Д-р Габриела Салинас
Ръководител на NIG
[email protected]

Жаклин Финк
Технически асистент
[email protected]

Сузане Лутин
Технически асистент
[email protected]

Услугата NGS за интегративна геномика (NIG) е научно съоръжение на Университетския медицински център Гьотинген (UMG) и е закотвена в Института за хуманна генетика. Подкрепяме биомедицински изследвания в областта на геномиката, транскриптомиката и епигеномиката с прилагането на геномни анализи, използващи секвенциониране от следващо поколение (NGS) и прилагането на техники с микрочипове. За тази цел ние предоставяме нашия дългогодишен опит, модерна инфраструктура и добре обмислени процеси. Работим и върху разработването на нови технологии, които след това създаваме като услуга.

институт

Ние предлагаме на нашите потребители цялостна лабораторна услуга, състояща се от РНК/ДНК препарати, качествени анализи, подготовка на проби за дълбоко секвениране и анализи на микрочипове и, ако е необходимо, ги подкрепяме и с обширна статистическа и биоинформативна подкрепа от концепцията на проекта до анализа на експерименталните данни.

Нашите научни съвети и услуги са отворени за изследователски групи на UMG и университетски и неуниверситетски партньори за сътрудничество въз основа на споделяне на разходите.

Техническият надзор на обслужващия обект е на директора на Института за хуманна генетика проф. Бернд Волник. Управлението на обслужващото съоръжение е на д-р. Габриела Салинас.

Щастливи сме да ви предоставим нашия опит за първоначална консултация и/или да подготвим оферта за вас.

Услуги и оборудване

възлагане

Контакт

Публикации

Услуги и оборудване

Нашата пълна услуга включва първоначално обсъждане на проекта, подготовка на проби, извършване на молекулярни анализи и предоставяне на генерираните данни за по-нататъшна оценка (генериране на данни от първо преминаване).

Услуги

Планиране на дизайн на проекта

Успешният експеримент, базиран на NGS, изисква внимателно предварително проектиране на подробен план на проекта. Нашата цел е да получим висококачествени материали и статистическа значимост чрез оптимална настройка. Например ние изясняваме следните въпроси с нашите потребители:

  • Какъв е въпросът/хипотезата на експеримента?
  • Как може този въпрос да бъде най-добре преведен в статистически значима и рентабилна настройка?
  • Каква е точната цел на експеримента?
  • Какъв тип и брой проби са необходими, за да се получи стабилен резултат?
  • Как се получават тези проби?
  • Кой метод за екстракция на РНК/ДНК е подходящ?
  • Как може да се запази целостта на РНК/ДНК?
  • Коя платформа/технология трябва да се използва?

Последователност от следващо поколение

Следващо поколение секвениране (NGS) е високопроизводителен процес, който позволява бързо секвениране на базовите двойки в ДНК или РНК проби. Въпросите, за които може да се използва технологията NGS, са разнообразни. Те изискват тестове, базирани на ДНК и РНК и са предназначени да открият големи геномни промени (например промени в броя на копията), както и промени в отделни нуклеотиди. Анализите на генната експресия, откриването на епигенетични промени и молекулярните анализи чрез тестове за метилиране на ДНК също са възможни и необходими. NGS движи откритията и дава възможност за бъдещето на персонализираната медицина.

Микрочипове

Нашата гама от услуги включва широк спектър от приложения, базирани на микрочипове. Използвайки две платформи (Agilent и Affymetrix), ние подкрепяме нашите потребители, по-специално при провеждане на експерименти с микрочипове за анализ на геномна експресия, масиви от екзони, анализи на miRNA, анализи за генотипиране, масиви CGH и SNP масиви.

Анализ на данни/биоинформатика

Ние помагаме при планирането на експерименталната концепция, анализа на данните, подготовката на данните в публикувани изображения и интерпретацията на резултатите от анализа и препоръчваме допълнителни анализи, ако е необходимо. Ние поддържаме голямо разнообразие от NGS-базирани приложения както с публикувани, така и със собствени софтуерни пакети. Генерирането на данни включва проверка на качеството и по желание филтриране и подрязване на данните. Анализът на данни включва цялостен контрол на качеството, картографиране, сумиране на четене/извикване на SNP, визуализация на данни, статистика, функционална анотация и интерпретация на данните.

Ако стандартните процедури се отклоняват в лабораторни протоколи или статистически анализ и визуализация, можем да действаме на базата на сътрудничество.

Обзавеждане

Разполагаме с най-съвременно, високоефективно оборудване за икономично и ефективно изпълнение на голямо разнообразие от анализи.

Едноклетъчно секвениране

C1 Системна течност

NGS автоматизация и контрол на качеството на пробите

Beckman Coulter’s Biomek автоматизирано подготвяне на проби от следващо поколение

възлагане

Ще се радваме да ви направим лично предложение. За поръчка за анализ, моля, изпратете ни попълнения документ по имейл на [email protected].

Рамковите условия, посочени в потребителските разпоредби и концепцията за работа, се прилагат за изпълнението на заявените анализи.

Контакт

В идеалния случай се свържете с нас възможно най-рано във вашия проект. По този начин можем да работим заедно за разработване на оптимална стратегия, която отговаря на нуждите на анализите на целия геном.

Вашето лице за контакт

Д-р Габриела Салинас
Ръководител на NIG

Подаване на проби

Моля, изпратете пробите си на:

Д-р Габриела Салинас
NGS-Интегративна геномика (NIG)
Университетски медицински център Гьотинген (UMG)
Юстус-фон-Либиг Вег 11
37077 Гьотинген

Публикации NIG

2015 г. и по-рано

Дългосрочни ефекти на емпаглифлозин върху възбуждането-свиване-свързване при индуцирани от човека плурипотентни кардиомиоцити на стволови клетки
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020, 9 октомври. [Epub пред печат]

Транслатомът на моторния неврон разкрива дерегулация на SYNGR4 и PLEKHB1 в мутантни модели на TDP-43 амиотрофична странична склероза
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 юли: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Онлайн преди печат.

Характеризиране на циркулиращи клетки на рак на гърдата с туморогенен и метастатичен капацитет
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 юли: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Онлайн преди печат.

Интронично възстановяване на CRISPR в предклиничен модел на кардиомиопатия, свързана със синдром на Нунан
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Тираж. 2020 юли 6. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Онлайн преди печат.

ДНК метилиране-медиирана модулация на ендоцитозата като потенциален механизъм за регулиране на синаптичната функция в миши инхибиторни кортикални интерневрони
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 1 юни; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Сиалилирането на IgG Fc се регулира по време на реакцията на зародишния център при имунизация с различни адюванти
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B., Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 май: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

De novo мутациите в FBRSL1 причиняват нова разпознаваема малформация и синдром на интелектуална инвалидност
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 г. 18 май.

Инхибирането на автофагичния протеин ULK1 намалява дегенерацията на аксоните in vitro и in vivo, подобрява транслацията и модулира сплайсинга
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 27 април. Doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub преди печат]

Разнообразие от клинично значими резултати, резултат от хипофракционирана радиация в огледалата на стволовите клетки на човешкия глиом Различни модели на транскриптомни промени
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Раци (Базел) 2020 1 март; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/рак12030570.

Амонийът действа системно, докато нитратът оказва допълнителен локален ефект върху възлите на Medicago truncatula
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Растителна Sci. 2020 март; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 дек.

Повишено присъствие и диференциално молекулно отпечатване на транзитно усилващи клетки при псориазис
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Handel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 януари; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 дек.

CRISPR-медиирано активиране на ендогенна генна експресия в постнаталното сърце
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 януари; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 ноември.