NewsDiaspora Постижения на учениците; от катедрата по генетика; във факултета; ii по биология

Екип от специалисти и студенти от генетичния факултет на Биологическия факултет на Университета в Букурещ извърши първото секвениране на генотипа на многоклетъчен еукариотен организъм (тази категория включва всички растения и животни), произведен изцяло в Румъния. Името генотип е по-подходящо за генетичната информация на индивида или местната популация, отколкото общият термин геном, който трябва да се използва за вида.

учениците

Лабораторният екип на Drosophila секвенира генотипа (секвениране на целия геном) на локална линия на Drosophila melanogaster (оцетен комар), получена от индивиди, събрани от подпланинското местоположение Romanii de Sus - Horezu (Vâlcea) и стабилизирани в лабораторията.

Практическият опит, натрупан в този пилотен проект, ще позволи на лабораторния екип на Drosophila в Биологическия факултет на UB да разгледа много теоретични и практически въпроси, свързани с геномиката и генетиката на D. melanogaster, но също така да обмисли последователността на генотипите и геномите на други линии или видове от интерес, включително Homo sapiens.

Всъщност една от основните изследователски дейности, проведени в лабораторията Drosophila на Биологическия факултет на UB, е биоинформатичният анализ на присъствието, честотата и разпределението на подвижните генетични елементи, наречени транспозони, в генотипа на хорезу.

Тълкуването на данните за секвениране представлява основно предизвикателство по отношение на сложността на софтуера за биоинформатика и изчислителната мощност, необходима за структурната анотация на транспозони от интерес в генотипа на линията D. melanogaster-Horezu.

Този експериментален подход позволява подхода на някои теоретични и практически аспекти, свързани с геномиката и генетиката на видовете D. melanogaster, а характеризирането на транспозони от клас II в локални линии е предмет на докторска дисертация в разгара си в лабораторията Drosophila.

Интерпретацията на данните за секвениране по отношение на румънската линия на D. melanogaster е извършена в лабораторията Drosophila на Биологическия факултет на UB, включително с помощта на програмата за биоинформатика Genome ARTIST (www.genomeartist.ro), също разработена в тази лаборатория.

Членовете на екипа, участващи в експеримента за последователност, са лекции. унив. д-р Rațiu C. Attila, докторант Bologa M. Alexandru, студент Ghiță C. Iulian, студент Bălănescu V. Mihnea и доцент Д-р Александру Ал. Ecovoiu.

Получаването и обработката на нуклеотидни последователности изисква компютър, оборудван с 32 Gb DDR4 RAM, i7-6500U процесор, 500 Gb SSD и операционна система LINUX MINT, към която е свързано устройството за секвениране Oxford Nanopore MinION, щедро предоставено от на колеги микробиолози.

След 48 часа ефективно секвениране бяха генерирани 36,5 Gb специфични данни, чиято по-нататъшна обработка в специален формат изискваше още 4 дни непрекъснато изчисление, така че компютърът да работи непрекъснато за около 6 дни, през 28 февруари - 4 март 2020 г.

Колекцията от четения (последователности) се съхранява в международната база данни Национален център за биотехнологична информация (NCBI) и връзката може да бъде достъпна тук.