Нарушения в храносмилателния тракт - MyMicrobiome
Добре известен случай на нарушено местообитание в нашето тяло е свързаната с антибиотици диария. Чревната екосистема първоначално се унищожава от неспецифичните антибиотици, така че нашите черва са загубили много важни инструменти за здравословно храносмилане, а оръжията, с които червата се бори с патогенни нашественици, също липсват. Откритите зони по вътрешните стени на червата сега са идеални местообитания за колонизация на патогенни микроби. Един от най-честите и опасни микроби при свързана с антибиотици диария е Clostridium difficile, който чрез освобождаването на два много мощни токсина уврежда чревната лигавица и причинява възпаление.

Затлъстяване
Микробният състав в храносмилателния ни тракт влияе върху апетита и способността ни да съхранява мазнини.
Бактериите, които се намират в стомаха ни, наречени Helicobacter pylori, ни казват дали сме гладни или сити. В допълнение към регулирането на киселинността в стомаха, тази бактерия причинява намаляване на хормона грелин, който участва в регулирането на апетита. Ако тази бактерия липсва, има повишено производство на грелин и по този начин по-голям апетит.
За съжаление, H. pylori има лоша репутация за причиняване на стомашни язви при чувствителни индивиди през последните няколко десетилетия; бактерията беше почти напълно елиминирана в стомаха ни с антибиотици.
Например, ако 80% от американските граждани са били носители на H. pylori преди две до три поколения, само по-малко от 6% от американските деца вече са с този зародиш. pylori, което може да обясни повишената степен на затлъстяване в Съединените щати. В същото време процентът на по-рано много рядък тип рак на хранопровода се е увеличил десет пъти.
Съставът на бактериите в червата ни също влияе върху количеството калории, които приемаме от храната си. В миналото, когато храната беше оскъдна, хората с микробиом, който можеше да съхранява повече мазнини от храната, имаха по-голямо предимство за оцеляване. В днешно време, когато храната е лесно достъпна, тези видове микробиоми предизвикват затлъстяване. Двама души, които ядат едно и също нещо, могат или не да наддават за едно и също количество, в зависимост от това как техният микробиом може да използва източника на въглерод.
От друга страна, храната, която ядем, също може да повлияе на нашия микробиом. Ако погледнете микробиома на хора, които живеят например в Япония, където се консумира повече растителна храна, ще намерите повече бактерии в червата, които могат да използват добре тези растителни източници на въглерод. В същото време едностранната диета с високомаслена храна намалява обема на чревния микробиом и благоприятства размножаването на бактерии, които подпомагат бързото съхранение на мазнини.
Стомашно-чревен рак
Вашият микробиом също играе роля в развитието на рак на стомаха и дебелото черво. Не вашият микробиом причинява рака, но това, което ядете, може да накара грешните бактерии да се чувстват добре в червата. Особено западната диета (много месо и мазнини, съчетана с консумация на малко зеленчуци) благоприятства такива бактерии, които произвеждат специални ензими и жлъчни киселини. Тези специални ензими могат да превърнат безвредните съединения в молекули, причиняващи рак, като хетероциклични амини, които поглъщаме с месо на скара. Веднъж превърната в електрофилна молекула, тя може да увреди вашата ДНК и да доведе до рак. Така че "ябълка на ден ..."
Хронични възпалителни заболявания на червата като болест на Хрон и улцерозен колит
Едно заболяване, което показва колко зависими са бактериалните видове един от друг, е хроничното възпалително заболяване на червата (IBD). IBD е хронично, повтарящо се възпаление на храносмилателния тракт, което уврежда лигавиците. Докато Bacteroides и Firmicutes видове бактерии преобладават при здрави хора, те не са доминиращи при хора с IBD. Намаленият брой Firmicutes води до намаляване на клостридиите (групи IX и IV), които понижават регулирането на противовъзпалителните цитокини чрез освобождаването на маслена киселина. В допълнение, бактерията Bacteroides fragilis се среща в намален брой при пациенти с IBD. В. fragilis стимулира регулаторните Т-клетки, които предотвратяват провокативните Т-клетки да предизвикат възпаление непроверено. В обобщение, поради дисбаланса на микробиома при пациенти с IBD, липсват важни видове бактерии, които обикновено биха поддържали имунната система в контрол, която сега е хиперактивна и действа срещу собственото си тяло.