Еволюционна история на Poaceae и взаимоотношения с ризосферната бактериална общност - PDF
Еволюционна история на Poaceae и взаимоотношения с ризосферната бактериална общност Мари-Лара Буфо За цитиране на тази версия: Мари-Лара Буфо. Еволюционна история на Poaceae и връзки с ризосферната бактериална общност. Селскостопански науки. Университет Клод Бернар - Лион I, 2011. Френски. NNT: 2011LYO10341. tel-01002644 HAL Id: tel-01002644 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01002644 Изпратено на 6 юни 2014 г. HAL е мултидисциплинарен архив с отворен достъп за депозиране и разпространение на научноизследователски документи, независимо дали те са публикувани или не. Документите могат да идват от учебни и изследователски институции във Франция или в чужбина или от публични или частни изследователски центрове. Мултидисциплинарният отворен архив HAL е предназначен за депозиране и разпространение на научни документи на научно ниво, публикувани или не, от френски или чуждестранни образователни и изследователски институции, публични или частни лаборатории.
Поръчка № 341-2011 Година 2011 THESIS DE L UNIVERSITE DE LYON Доставено от L UNIVERSITE CLAUDE BERNARD LYON 1 ДОКТОРСКО УЧИЛИЩЕ ЕВОЛЮЦИЯ ЕКОСИСТЕМИ МИКРОБИОЛОГИЯ МОДЕЛИРАНЕ ДОКТОРАЛНА ДИПЛОМА (указ от 7 август 2006 г.) публично подкрепена на 12 декември 2011 г. B еволюция на Poaceae и взаимоотношения с ризосферната бактериална общност ЖУРИ: Wafa ACHOUAK, изследовател, CNRS Philippe LEMANCEAU, изследователски директор, INRA Yves VIGOUROUX, изследовател, IRD Мария ФЕРНАНДЕЗ, професор, Университет Лион 1 Даниел МЮЛЕР, доцент, Университет Лион 1 Йон МОН -LOCCOZ, професор, Université Lyon 1 Докладчик Докладчик Изпитващ Изпитващ Изпитващ Съвместен дисертатор Ръководител на дипломна работа
споделяни заедно в продължение на 4 години, в манипулационни стаи или други: Беноа, Джулиана, Дейвид, Винсент, Арно, Лорин, Бене и Лоик, Мартина, Никита, Анто, Максим, Арно, Мари, Флоран, Шупет, Лулу и др. Очевидно благодаря на семейството си, майка си и бабите си, които винаги са вярвали в мен, много преди мен всъщност, които ме подкрепяха през целия ми живот и които ми позволиха да бъда там, където съм. Благодаря на цялото ми семейство за подкрепата, любовта и съчувствието им! Благодаря и на Тибо, който беше до мен през всичките тези години на обучение, вярваше в мен, помогна ми да се справя и ми показа, че мога да правя велики неща. И накрая, посвещавам тази теза на баща си, който не можеше да я види, но без когото нямаше да стане. Той беше човекът, който ме заинтересува от науката и ме насърчи да намеря това, което наистина ме привлича. Бих искал той да ме види в защита на тази теза и да се гордее с мен.
Експериментална част 1: Влияние на еволюционната история на царевицата върху селекцията на почвените бактерии в ризосферата. 55 Въведение. 56 Има ли история на диверсификация на царевицата, повлияваща подбора на почвените бактерии по корени. 56 Резюме. 59 Въведение. 60 Материали и методи. 62 Селекция на царевични генотипове. 62 Оранжериен експеримент. 62 Анализ на микрочипове на проби от ризосфера. 63 Анализ на данните от микрочипове. 63 Количествена PCR. 64 Сравнение на генетичното разстояние между инбридни линии на царевица с молекулярни данни на ризобактериалната общност. 65 Резултати. 67 Генетично сравнение на групите царевица. 67 16S Микровълнов анализ на ризосферния ефект на разсад. 70 Ефект на царевичните групи върху ризобактериалната общност. 70 Проверка на избрани резултати от микрочипове чрез qpcr и секвениране. 73 Връзка между разнообразието на царевицата и ризобактериалното разнообразие въз основа на анализи от разстояние 73 Дискусия. 75 Признание. 78 Достъпност на данните. 78 Поддържаща информация. 79 Референции. 85 II
Експериментална част 2: Влияние на еволюцията на зърнените култури (Poaceae) върху състава на ризосферната бактериална общност. 91 Въведение. 92 Значение на еволюцията на Zea mays и други Poaceae за състава на ризобактериалната общност. 94 Резюме. 95 Въведение. 96 Материали и методи. 98 Растителни генотипове. 98 Оранжериен експеримент. 99 Извличане и етикетиране на почвената ДНК. 99 Анализ на микрочипове. 100 Анализ на данните. 101 Резултати. 101 Състав на бактериалната общност. 101 Ефекти на ризосферата и растителния генотип. 102 Ефект от управлението на полето и етапа на растеж на растенията върху ефекта на ризосферата. 104 Връзка между еволюцията на царевицата/poaceae и ризобактериалната общност. 106 Дискусия. 110 Референции. 124 III
Експериментална част 3: Влияние на еволюцията на зърнените култури (Poaceae) върху фито-полезна функционална група. 131 Въведение. 132 Дали еволюционната история на растенията е оформила диазотрофното разнообразие и изражението на нифх в ризосферата. 134 Резюме. 135 Въведение. 136 Материали и методи. 138 Растителни генотипове и парников експеримент. 138 Екстракция на почвена ДНК и РНК. 138 cdna синтез чрез обратна транскрипция. 139 Количествена PCR и количествена RT-PCR. 139 T-RFLP анализ. 140 Статистика. 140 резултата. 142 Размер на диазотрофните общности. 142 нива на транскрипт в диазотрофни общности. 144 Разнообразие от диазотрофни общности. 144 Връзка между филогенията на Poaceae и общността на диазотрофите. 147 Връзка между развитието на растенията и диазотрофната общност. 147 Дискусия. 149 Референции. 151 Допълнителни данни: Кинетика на размера на общността на азотфиксиращите микроорганизми. 157 Обща дискусия и перспективи. 159 Влияние на еволюционната история върху ризосферното бактериално разнообразие. 161 Влияние на еволюционната история върху фитополезни бактериални съобщества. 164 Заключение. 167 Библиографски справки. 169 Приложение. 207 IV