Епигенетика в човешкия мозък - невропсихофармакология - невропсихофармакология 2021

Теми

Резюме

ВЪВЕДЕНИЕ

ЕПИГЕНОМ СТРОИТЕЛНИ БЛОКОВЕ

ДНК (хидрокси) -метилиране

Две свързани, но функционално много различни видове ДНК модификации, метилиране (m) и хидроксиметилиране (hm) на цитозини в CpG динуклеотиди, често се срещат в обогатени с CpG последователности (Kriaucionis и Heintz, 2009). Маркировките mC5 и hmC5 показват изключително различно разпределение, като hmC5 се ограничава главно до 5 'края на гените, като нивата обикновено корелират с транскрипцията на гени в този локус (Jin et al, 2011; Song et al, 2011) . За разлика от това, само малка част (

невропсихофармакология

Изображение в пълен размер

  • Изтеглете слайд PowerPoint

Варианти на Histone

В допълнение към основните хистони H2A/H2B/H3/H4, метазойните геноми кодират варианти на хистони, като H3.3, H2A.Z и H2A.X (Фигура 1), които за разлика от каноничните хистони подлежат на репликация. -независима експресия и сглобяване (Woodcock, 2006), със значителни ефекти върху стабилността и уплътняването на нуклеозомите (Jin and Felsenfeld, 2007). Обикновено се смята, че комплексите за РНК полимераза и транскрипционно активиране и удължаване дестабилизират нуклеозомите, насърчавайки ремоделирането на нуклеозомите и включването на варианти хистони, които след това потенцират или стабилизират генната експресия (Bintu et al, 2011; Sutcliffe et al, 2009).

ЕПИГЕНЕТИКА И ТРАНСКРИПЦИОННА РЕГУЛАЦИЯ (дис) ПРИ ЗАБОЛЯВАНЕ НА МОЗЪКА НА ЧОВЕКА. ВЪПРОС "СПЕЦИФИЧЕН" ЗА ПРЕДМЕТ?

Таблица в пълен размер

  • Изтеглете слайд PowerPoint

Таблица в пълен размер

  • Изтеглете слайд PowerPoint

НАУЧЕНИЕ НА „ПОСЛЕДВАНЕ НА СЛЕДВАЩО ПОКОЛЕНИЕ“ И „ЧИП-СЕКВ“ БИОИНФОРМАТИКА

Напредъкът в технологията направи възможно да се профилира разпределението на епигенетичните маркери в геномната скала, използвайки методите за последователно следващо поколение (NGS). Например, хроматиновото имунопреципитация (ChIP) позволява обогатяването на ДНК, маркирана със свързани протеини или ДНК, характеризираща се с промени в хистоновите молекули, които се свързват с ДНК в структурни единици, наречени нуклеозоми (виж Фигура 1). Първоначално разпространението на епигенетичните тагове в целия геном беше профилирано с помощта на микрочипове (ChIP-чипове), но методите NGS ги замениха, демонстрирайки отчетливи предимства с повишена чувствителност и по-голяма пълнота на геномните профили (Park, 2009; Zhao & Grant, 2011). Ето защо ще се съсредоточим върху метода ChIP-seq и ще дадем преглед на стъпките, необходими за анализа на такива данни.

Понастоящем се използват няколко NGS платформи за секвениране за епигеномични изследвания, включително геномния анализатор Illumina, ABI SOLID, Roche 454, Helicos. Обикновено тези платформи произвеждат стотици хиляди четения до стотици милиони кратки последователности, наречени четения или тагове с дължина на последователността, варираща от 35 до 350 bp (в зависимост от използваната система). Четенията се извличат в стандартния формат fastq, който включва последователността на четене и качествен резултат за всяко базово повикване в последователността на маркерите. Обработката и анализът на ChIP-seq експеримент започва с един или повече fastq файлове за четене.